在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

随笔2个月前发布 鼬神
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官方提供的R语言安装教程:全面的 R 存档网络 (tsinghua.edu.cn)

在安装之前先使用命令更新软件列表,命令中的 – qq 参数用于减少命令执行时的输出信息。

  1. # update indices

  2. sudo apt update -qq

安装依赖项:dirmngr(用于管理密钥)、gnupg(用于加密通信和签名验证)、apt-transport-https(允许apt通过HTTPS协议访问资源)、ca-certificates(CA证书,用于HTTPS连接)以及software-properties-common(用于添加和管理软件源) 

sudo apt install dirmngr gnupg apt-transport-https ca-certificates software-properties-common

安装software-properties-commondirmngr依赖包,通过使用 --no-install-recommends 选项可以不安装这两个包推荐的其他包。 

  1. # install two helper packages we need

  2. sudo apt install --no-install-recommends software-properties-common dirmngr

使用wget从R项目的云服务器下载Michael Rutter的公钥,并使用tee命令将其追加到/etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc文件中,使系统信任CRAN的Ubuntu仓库。 

  1. # add the signing key (by Michael Rutter) for these repos

  2. # To verify key, run gpg --show-keys /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

  3. # Fingerprint: E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

  4. wget -qO- https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu/marutter_pubkey.asc | sudo tee -a /etc/apt/trusted.gpg.d/cran_ubuntu_key.asc

 使用add-apt-repository将CRAN的Ubuntu仓库添加到系统的软件源列表中。$(lsb_release -cs)是一个命令替换,它会被替换为当前Ubuntu发行版的代号(如focalgroovybionic),以确保添加的软件源与当前系统兼容。

  1. # add the R 4.0 repo from CRAN -- adjust 'focal' to 'groovy' or 'bionic' as needed

  2. sudo add-apt-repository "deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran40/"

输入命令安装R语言的基础包: 

sudo apt install --no-install-recommends r-base

 安装R语言构建包,安装后可以用于编译构建R包:

sudo apt install r-base-dev

 在终端中输入一个大写的 R 来启动R语言交互模式

R

R语言交互模式启动成功 

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

 再查看下R包安装和导用有无异常,在交互模式中输入以下命令安装绘图用的R包ggplot2

install.packages("ggplot2")

接下来使用 library()函数 来导入R包 ,并在交互模式中输出一组变量

  1. library(ggplot2)

  2. # 定义并一个变量

  3. a <- c(1, 2, 3)

  4. print(a)

导包及输出变量正常 

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

如果需要制作技术文档、数据分析、实验报告、工作报告等等,个人推荐使用R Markdown。 

R Markdown是一种结合了R代码、文本和结果展示的动态文档工具,它使得用户能够创建可重复、可交互和可发布的报告、演示文稿、网页等多种文档类型,R Markdown文档的源文件扩展名为.Rmd。在R Markdown文档中,用户可以直接嵌入R代码块,使用R语言进行数据处理、分析和可视化,代码块可以包含任何有效的R代码,并且可以在文档中的不同位置重复使用。

同时R Markdown支持多种输出格式,包括HTML、PDF、Word、Markdown等,它的编写方法和编写Markdown文档相似。

IDE推荐使用RStudio,画图与编写脚本都很方便。如果使用的VS Code可以下载以下插件:

R Debugger

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

插件安装后会在左侧任务栏生成图标

其中包括工作环境栏: 

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

R包管理和帮助栏: 

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

 Markdown All in One(转换和预览markdown文档)

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

  R Markdown All in One(转换和预览R Markdown文档)

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown 在安装R Markdown之前先安装 Pandoc 用于处理Markdown文件格式

sudo apt install pandoc

在R鱼眼交互模式中输入命令安装rmarkdown包 

install.packages("rmarkdown")

 新建一个 test.rmd 文档,将以下内容复制进去

  1. ### hello world in R Markdown

  2. ```{r}

  3. hello <- function(name) {

  4. paste("Hello", name)

  5. }

  6. hello("world")

  7. ```

  8. #### 生成一组随机数

  9. ```{r}

  10. set.seed(1)

  11. x <- rnorm(100)

  12. ```

  13. #### 绘制直方图

  14. ```{r}

  15. hist(x)

  16. ```

  17. #### 绘制散点图

  18. ```{r}

  19. y <- rnorm(100)

  20. plot(x, y)

  21. ```

  22. ```{r fig.width=6, fig.height=4}

  23. plot(x, y)

  24. ```

在Ubuntu系统中安装R语言并使用R Markdown

编写完成后按快捷键 Ctrl+Shift+K 即可编译R Markdown文档为HTML文件或Word文档等格式,点开编译好的文件(我这里是.HTML文件),其中内容如下:

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